Teritoria, hnízdění a inkubace
Mnoho ptáků brání v období páření své území před jinými druhy. Ochrana teritoria je důležitá z hlediska shánění potravy pro svá mláďata. Druhy ptáků, které nejsou schopny účinně bránit své teritorium, jako např. mořští ptáci nebo rorýsi, se sdružují do hnízdních kolonií; to je výhodné z hlediska ochrany proti predátorům. Hnízdící jedinci v koloniích pak ochraňují malé hnízdní plochy a soutěžení, jak mezidruhové, tak uvnitř svého vlastního druhu, o tato místa pak může nabývat velmi intenzivní podoby.
Všichni ptáci snášejí amniotická vejce s tvrdými skořápkami většinou z uhličitanu vápenatého. Barva vajec se řídí řadou faktorů: ta, která jsou snášena do děr nebo doupat, jsou většinou bílá nebo bledá, zatímco vejce v otevřených hnízdech, jako např. u dlouhokřídlých, bývají obvykle maskovaná. Existují samozřejmě výjimky z tohoto pravidla, např. většina zemních lelků má vejce bílá a maskování je zajišťováno peřím ptáků. Některé druhy, které jsou oběťmi hnízdního parazitismu prováděného např. některými kukačkami, mění barvy svých vajec za účelem snížení šance na snesení kukaččího vejce do svého hnízda, protože kukaččí samičky mají snahu snést své vejce do hnízda hostitele s podobně zabarvenými vejci.
Vejce jsou obvykle uložena v hnízdě, které může být velmi propracované, jak je tomu u snovačů či vlhovců, nebo na druhou stranu velmi primitivní jako u některých albatrosů, kdy se hnízda skládají pouze z hromádky seškrábané ze zobáku, do níž kladou vejce. Některé druhy si nestaví žádné hnízdo, na útesech hnízdící alkouni úzkozobí kladou svá vejce na holou skálu a vejce tučňáka císařského jsou ukládána na nohy rodičů a svrchu jsou překryta kožním záhybem na břiše; tento způsob je převládající u druhů hnízdících na zemi, kde nově vylíhlá mláďata jsou předčasně vyspělá. Většina ptačích druhů si staví propracovaná hnízda ve tvaru poháru, kupole, talíře, rámu nebo doupěte. Většina hnízd je stavěna tak, aby byla co nejméně nápadná, skrytá a uzavřená a tak chráněna před predátory, zatímco otevřená hnízda jsou stavěna ptáky v hnízdních koloniích nebo druhy schopných účinné obrany svého hnízda. Hnízda jsou často stavěna na rostlinách, některé druhy si specificky vybírají rostliny jako řebříček obecný, který má látky, redukující hnízdní parazity jako jsou roztoči, čímž se zvyšuje šance mláďat na přežití. Hnízda jsou také často vystlána peřím, aby se zamezilo úniku tepla.
Sezení na vejcích, kterým je udržována optimální teplota pro vývoj kuřat, obvykle začíná s
nakladením prvního vejce, proto se mláďata líhnou ve stejném sledu, jak byla jednotlivá vejce snášena. U monogamních druhů se obvykle rodiče v sezení na vejcích střídají; u polygamních druhů plní veškeré rodičovské povinnosti jen jeden z rodičů. Teplo přechází u většiny druhů od rodičů k vejcím přes tzv. hnízdní nažinu, což je oblast holé kůže na břichu nebo hrudi na vejcích sedících ptáků. Sezení na vejcích může být energeticky náročný proces, např. dospělí albatrosi ztratí za den sezení až 83 gramů své tělesné váhy. Někteří ptáci, jako např. taboni, využívají jako teplo jiné zdroje než je sezení na vejcích. Patří mezi ně tlející rostliny nebo vulkanické zdroje tepla. Doba sezení na vejcích trvá od 10 dnů (u druhů jako datli, kukačky a pěvci) do 80 dnů (albatrosovití a kiviové).